Năm 1988, Alice Lakwena thành lập Phong trào Chúa Thánh Linh, một phong trào kháng chiến tuyên bố được truyền cảm hứng bởi Chúa Thánh Linh của Cơ đốc giáo. Bà tự miêu tả mình là một vị tiên tri, đã nhận được thông điệp từ Thánh Linh của Thiên Chúa. Bà bày tỏ niềm tin rằng Acholi có thể đánh bại chính phủ được điều hành bởi Museveni bằng cách đúc phù thủy và linh nhúng trong văn hóa của họ.

Joseph Kony sau này rao giảng một sự mê tín tương tự như khuyến khích binh sĩ sử dụng dầu để vẽ một cây thánh giá trên ngực của họ để bảo vệ khỏi đạn. Trong một cuộc phỏng vấn với Jimmie Briggs, Alice Lakwena tuyên bố rằng họ không muốn họ giết dân thường hoặc những tù nhân binh. Trong khi đó, Kony đã đạt được danh tiếng sở hữu linh hồn. Ông đã trở thành một nhân vật tinh thần, phương tiện truyền thông. Lakwena lập được nhiều chiến thắng quan trọng trên chiến trường và bắt đầu một cuộc hành quân tiến đến Kampala. Kony đã nắm lấy cơ hội này để tuyển dụng thành viên của Dân chủ nhân dân Uganda Quân đội (UPDA) và các tàn dư Chúa Thánh Thần. Năm 1988, khi Lakwena đã bị đánh bại ở Jinja và chạy trốn đến Kenya, Kony đã trở thành lãnh đạo của Chúa Thánh Thần một số năm sau đó.